코랩에서 Rstudio 사용하기 1. Rstudio-server 설치하기

Tue, 24 Oct 2023 00:00:00 +0000

최근 나만의 딥러닝 워크스테이션 구성하기 프로젝트를 진행하면서 다방면으로 찾아보던 중 문득 Colab을 통해 Rstudio를 구동할 수 있지 않을까 싶었다. 그래서 찾아보니까 실제로 나와 같은 생각을 한 사람이 있었고, 직접 테스트를 진행해보니 성공적으로 Colab의 리소스로 Rstudio를 오픈 시킬 수 있어서 이를 소개하고자 한다.

Google Colaboratory

(이하 코랩)은 구글에서 제공하는 데이터 사이언스와 머신러닝을 위한 클라우드 기반 Python 개발 환경이다. 코랩의 장점은 여러가지 있지만 아무래도 무료로 Jupyter notebook을 사용할 수 있는 점을 꼽을 수 있겠다. 물론 free tier로 사용시에 리소스의 제한이 꽤나 엄격하지만 그래도 인터넷이 연결이 되고 Python을 다룰줄만 안다면 장소에 구애받지 않고 어디서든 작업을 할 수 있는 부분에 있어서는 유용한 서비스다.

코랩은 기본적으로 Ubuntu 기반의 가상머신에서 서버 리소스가 할당되어 사용되는 구조인듯 싶다. 코랩에서 사용되는 OS에 대한 기본 정보는 Jupyter notebook의 매직 명령어를 활용하여 확인할 수 있다.

!cat /etc/*release

DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=22.04
DISTRIB_CODENAME=jammy
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 22.04.2 LTS"
PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.2 LTS"
NAME="Ubuntu"
VERSION_ID="22.04"
VERSION="22.04.2 LTS (Jammy Jellyfish)"
VERSION_CODENAME=jammy
ID=ubuntu
ID_LIKE=debian
HOME_URL="https://www.ubuntu.com/"
SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/"
BUG_REPORT_URL="https://bugs.launchpad.net/ubuntu/"
PRIVACY_POLICY_URL="https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy"
UBUNTU_CODENAME=jammy

Note

본격적으로 들어가기에 앞서 본 포스팅은 해당 를 활용하여 작성되었음을 알립니다.

Rstudio-server 설치

기본적인 접근은 다음과 같다. 먼저 코랩 자체가 Ubuntu환경에서 실행되는 만큼 리눅스 우분투용 R과 Rstudio를 설치한다. 일반적으로 Ubuntu 환경 하에서는 로컬 웹 기반 Rstudio-server를 설치하여 활용하는데, 설치를 마치고 설치된 해당 주소와 포트를 터널링을 통해 접근하는 방식으로 진행된다. 각자 코랩을 켜서 아래의 code-chunk를 복사하여 셀 바이 셀로 실행시켜 나가면 된다.

1. rstudio 유저 추가

!sudo useradd --create-home --user-group --password $(echo '1234' | openssl passwd -1 -stdin) rstudio
!usermod -aG sudo rstudio
!su rstudio -c 'echo 1234 | sudo -S chmod -R 777 /var/log'

먼저 우분투 환경에서 “rstudio” 사용자를 생성하고 sudo 권한을 부여한다. 이는 rstudio-server 로그인에 필요한 과정이다. 마지막 세번째 줄에 있는 !su rstudio -c 'echo 1234 | sudo -S chmod -R 777 /var/log'코드는 지금은 직접적인 연관이나 필요는 없지만 추후에 진행할 tensorflow-R을 설치할때 필요로 하기 때문에 미리 처리를 해 놓음.

비밀번호의 경우 현재 1234로 세팅을 해 놓았는데 혹시라도도 rstudio-server 로그인 비밀번호를 바꾸고 싶다하면 코드에 있는 1234를 원하시는 비밀번호로 적어서 실행시키면 된다.

2. 필수 프로그램 설치

GIS software

%%capture # 출력 생략 
!apt-get update
!apt-get install --yes git ssh python3-venv
!apt-get install r-base r-base-dev gdal-bin python-gdal python3-gdal libgdal-dev libproj-dev proj-data proj-bin libgeos-dev libudunits2-dev libv8-dev libprotobuf-dev libxml2 libjq-dev
!apt-get install qgis saga

R 설치와 더불어 python3 가상환경 모듈 및 지리 정보 및 공간 데이터 시각화를 위한 연계 패키지들을 설치

Github CLI

%%capture
!apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key C99B11DEB97541F0
!echo | sudo apt-add-repository https://cli.github.com/packages
!apt update
!apt install gh

Github 사용을 위한 Github CLI(명령줄 인터페이스) 패키지 설치

rstudio server

%%capture
!apt-get install gdebi-core
!wget https://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2023.09.1-494-amd64.deb
!sudo gdebi rstudio-server-2023.09.1-494-amd64.deb

rstudio-server 설치 진행
업데이트 시 배포되는 rstudio-server 버전이 바뀌므로 최신 버전으로 사용을 원한다면 에서 최신 버전의 코드로 바꿔서 실행

<rstudio-server posit 다운로드 페이지>

ngrok 토큰 발급

다음으로 진행해야 할 것으로 ngork 서비스 관련 사항들이다. ngork는 로컬의 개발환경을 인터넷으로 공개적으로 접근 가능하게 만들어주는 터널링(Tunneling) 서비스라고 한다. 주로 시스템 혹은 웹 개발시 테스트의 용도나 디버깅 작업을 수행하는데 사용되는 서비스인데 우리는 이것을 통해 코랩 내부의 rstudio-server 로컬 주소 및 포트를 접근할 수 있는 주소를 만드는데 사용할 것. 다음에 사이트에서 ngork 가입 및 토큰을 발급을 진행하면 된다.

<ngork account 토큰 발급>

from getpass import getpass

# Don't forget create your account of ngrok and get token from https://dashboard.ngrok.com/auth/your-authtoken
authtoken = getpass("Input your Auth token")

발급받은 토큰을 복사하여 아래의 코드 실행 시 생성된 입력 창에 입력

! wget -q -c -nc https://bin.equinox.io/c/4VmDzA7iaHb/ngrok-stable-linux-amd64.zip
! unzip -qq -n ngrok-stable-linux-amd64.zip

wget과 unzip 명령을 통해 ngrok을 다운로드하고 압축을 해제하여 코랩 환경에서 IP 터널링을 가능케 함

3. ngrok을 통한 Rstudio server 가동

마지막으로 앞서 설정한 ngork 토큰을 통해 코랩 로컬에서 실행되어 있는 rstudio-server 웹 서버를 공용 IP 주소로 터널링하여 접근을 진행한다. 아래의 코드를 실행시키면 나오는 주소가 바로 코랩으로 실행시킨 rstudio-server의 웹 주소이므로 출력하여 나오는 주소로 접속.

# Run ngrok
get_ipython().system_raw('./ngrok authtoken $authtoken && ./ngrok http 8787 &')
! sleep 3

# Get the address for Rstudio-server
import requests
from re import sub
r = requests.get('http://localhost:4040/api/tunnels')

str_ssh = r.json()['tunnels'][0]['public_url']
print(str_ssh)

#> https://af9e-105-199-235-17.ngrok-free.app # 출력 예시

<ngork tunneling 및 Rstudio-server login, main 페이지>

출력으로 나온 ngork 터널링 페이지에서 Visit Site를 클릭하면 우리가 설정한 rstudio-server의 로그인 화면을 볼 수 있고, 이 후에 앞서 설정한 로그인 입력정보(ID : rstudio, PW : 1234)를 입력하게 되면 비로소 코랩에서 코랩의 리소스를 통한 Rstudio 사용 가능하다.

References

(Github repository)
(.ipynb)

Colab | JDW Blog

코랩에서 Rstudio 사용하기 1. Rstudio-server 설치하기

Google Colaboratory

Rstudio-server 설치

1. rstudio 유저 추가

2. 필수 프로그램 설치

GIS software

Github CLI

rstudio server

ngrok 토큰 발급

3. ngrok을 통한 Rstudio server 가동

References